肿瘤微生物组研究遭遇重大挑战
近年来，关于“肿瘤微生物组”的研究一直是癌症领域的热点，多项重磅研究声称在几乎所有人类癌症中都发现了微生物的踪迹，并认为其可用于疾病的诊断和预后预测。然而，一篇发表于《科学·转化医学》的最新论文，可能要给这个火热的领域“泼上一盆冷水”。
来自约翰·霍普金斯大学的研究团队通过对癌症基因组图谱（TCGA）项目中25个癌种、5734个肿瘤样本的全基因组测序（WGS）数据进行深度重新分析，得出了一个颠覆性的结论：肿瘤中实际存在的微生物数量远少于此前的报道，两者之间的关联可能被严重高估了。
问题根源：被“污染”的基因组数据库
为何新的分析结果与以往研究差异如此巨大？研究人员指出，问题的核心在于数据污染。TCGA项目的主要目的是研究人类癌症的遗传变异，但在测序过程中，样本中可能存在的微生物DNA也会被一并检测。科学家们通过将这些非人类的基因序列与已知的微生物基因组数据库进行比对，来鉴定肿瘤中的微生物种类和丰度。
然而，如果微生物基因组数据库本身就不纯净，含有大量被错误纳入的人类DNA序列（如Alu等高拷贝重复序列）或实验载体序列，那么比对结果就会出现大量的“假阳性”。这意味着，许多被认为是“微生物”的序列，实际上可能只是人类自身的DNA片段。
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数据对比：惊人的数万倍误差
为了更直观地展示这种误差，研究团队将他们经过严格过滤和去污染后的分析结果，与两篇先前发表在《自然》和《细胞》上的知名论文进行了对比。
结果令人震惊：
- 对于2020年发表的《自然》论文（该论文现已于2024年7月被撤稿），其报告的微生物丰度最高的几个菌属，新研究发现其reads计数（可理解为基因序列的读取次数）误差高达1500到45000倍。
- 对于2022年发表于《细胞》的关于肿瘤真菌的研究，新分析同样发现了巨大差异，丰度最高的几个真菌物种，其reads计数的误差也在142到13660倍之间。
这些巨大的差异表明，先前研究中鉴定出的许多微生物物种，可能根本不存在于TCGA的肿瘤样本中。面对复杂的癌症信息和治疗选择，获取专业的第二诊疗意见可以帮助您做出更明智的决策。不妨尝试MedFind AI问诊服务，快速获得个性化分析报告。
重新审视：癌症与微生物组关系的未来
这项严谨的研究工作提醒我们，在生物信息学分析中，数据质量和数据库的纯净度至关重要。根据约翰·霍普金斯大学团队的结论，癌症与微生物组之间的联系可能远没有我们想象的那么普遍和紧密。
这无疑要求科学界以更审慎的态度重新评估“肿瘤微生物组”这一概念，未来的研究需要采用更严格的数据处理标准，以确保结论的可靠性。尽管科学研究在不断发展，但对于确诊的患者而言，及时获得有效的治疗药物是当务之急。如果您正在寻找海外靶向药，MedFind海外靶向药代购平台致力于为您提供可靠、便捷的购药渠道。
