基因检测做了，报告显示有靶点，为什么用了靶向药却毫无效果？或者明知有极大概率存在靶点，DNA检测结果却全是阴性？在实体瘤精准治疗时代，以ALK、ROS1、RET、NTRK等为代表的基因融合是驱动肿瘤发生的核心“刹车失灵”因素。然而，传统基于DNA的下一代测序（DNA-NGS）在检测融合基因时存在先天局限，甚至可能带来最高20%的假阳性率或大量漏诊。了解为何DNA检测后需要RNA层面验证，是避免“用错药”和“漏掉救命药”的关键。
实体瘤驱动基因变异类型与检测共识
为什么说抓准“基因融合”是晚期患者生存的关键？
在非小细胞肺癌（NSCLC）等实体瘤中，约有10%~15%的患者存在驱动基因融合变异。尽管其总体发生率看似不高，但一旦检出并匹配到对应的小分子酪氨酸激酶抑制剂（TKI），患者将迎来极高的客观缓解率（57%~94%）和显著的生存获益。
以非小细胞肺癌为例，在ALEX临床研究中，ALK融合阳性患者接受一线阿来替尼（安圣莎, Alectinib）治疗的中位无进展生存期（PFS）达到了史无前例的34.8个月；而ROS1基因融合患者接受一线克唑替尼（赛可瑞, Crizotinib）治疗的中位PFS也长达19.3个月，中位总生存期（OS）更达到了51.5个月。这样的疗效远超传统的化疗和免疫联合治疗。
阿来替尼一线治疗ALK阳性NSCLC的突破性疗效
克唑替尼治疗ROS1融合阳性患者的生存数据
单纯依赖DNA测序，为何容易出现漏诊与假阳性？
基于DNA的NGS（DNA-NGS）是目前临床上最常用的分子检测手段，在检测单核苷酸变异（SNV）和插入缺失（Indel）方面表现出众，但在检测基因融合时却面临三大致命短板：
- 内含子区域过于冗长：例如ROS1和NTRK基因的内含子长达数百kb，传统的DNA探针很难全面覆盖如此庞大的区域，极易导致“漏诊”。
- 重复序列干扰比对：如ALK基因断点区富含LINE元件等重复序列，导致基因测序数据比对困难，影响结果的精准度。
- DNA重排不等于表达有功能蛋白：DNA层面的基因重排不一定会翻译成功能性融合蛋白。统计表明，单纯DNA测序发现的融合存在15%~20%的“假阳性”概率。
DNA测序在融合基因检测中的三大局限
RNA层面的基因融合检测优势
基因转录与剪接对融合表达的影响
美国临床肿瘤学会（ASCO）针对基因测序局限性的临床意见
RNA检测可直接针对成熟mRNA转录本
为什么RNA层面验证是破解靶向治疗难题的关键？
基于RNA的NGS（RNA-NGS）直接分析肿瘤细胞中的mRNA序列。因为mRNA已经经过剪接抛弃了冗长的内含子，融合接头固定，探针设计更容易，能精准捕捉真正表达的“救命靶点”。
优势一：大幅提升融合变异检出率（减少漏诊）
研究表明，联合RNA-NGS检测可额外多识别10.0%~15.3%的基因融合变异。在大型临床队列中，单独DNA检测未发现靶点的驱动基因阴性患者，加测RNA后有10%重新找到了可用的靶向药。尤其是ROS1融合的检出率可提升34.1%~50%；而在NRG1和NTRK融合中，甚至有高达67%的阳性患者仅能在RNA层面被识别。
RNA共检大幅提升可靶向变异检出率
大样本研究证实RNA-NGS在NTRK/NRG1/MET14跳跃中的优势
多达26%的实体瘤伴随诊断重排仅通过RNA-NGS检出
RNA验证是精准靶向治疗的可靠保障
优势二：精准验证罕见与非经典融合真实功能
DNA检测经常会报告一些“罕见融合”或“意义未明重排（SVUS）”。例如在RET基因重排患者中，DNA测序报告的非经典融合，经RNA层面验证后，有超过80%实质上是具有明确药效的经典KIF5B-RET或CCDC6-RET融合；而在复杂ALK融合中，RNA验证也证实其均表达经典的EML4-ALK融合转录本，为患者重新吃上靶向药提供了坚实依据。
优势三：剔除“无功能假阳性”，避免无效用药
如果DNA检测阳性，但RNA检测为阴性，说明该DNA变异并未翻译出有功能的蛋白质。临床研究证实，DNA阳性但RNA未验证出融合的ALK阳性患者，使用克唑替尼等靶向药的中位无进展生存期（PFS）仅有2.0个月，而双重验证阳性的患者PFS长达11.0个月（P=0.001）。这直接证实了对RNA阴性患者盲目使用靶向药效果极差。
复杂ALK融合的RNA表达验证
RET融合在DNA与RNA水平上的对照分析
DNA/RNA共检阳性患者靶向治疗获益显著更优
RNA验证阳性患者中位无进展生存期明显延长
DNA-NGS检测融合在消化道肿瘤中的假阳性风险
RNA-NGS有效排除无功能重排导致的假阳性
从肺癌到泛实体瘤的DNA/RNA共检价值
临床常用的三种DNA/RNA共检策略，患者该如何选择？
除了非小细胞肺癌，DNA/RNA共检已全面拓展至肝内胆管癌（FGFR2融合）、甲状腺癌、乳腺分泌性癌以及儿童实体瘤（肉瘤、脑瘤等）领域。NCCN指南等国际权威规范明确指出：对于驱动基因阴性或NRG1/NTRK等特殊融合，强烈推荐使用RNA-NGS进行补充或同步检测。
根据《实体瘤常见驱动基因DNA和RNA高通量测序共检专家共识（2025版）》，目前临床主要有以下三种共检策略：
| 检测策略 | 操作方式 | 核心优势 | 劣势与适用人群 |
|---|---|---|---|
| 序贯共检 | 先做DNA-NGS，若驱动基因突变阴性再补充做RNA-NGS | 节省初始检测成本，符合经济原则 | 耗时较长，对组织小活检样本可能面临组织量消耗殆尽的问题 |
| 平行共检 | 同一份样本的DNA和RNA分别独立建库、测序与分析 | 提高检出率与准确性，不延长报告出具周期 | 需消耗相对较多样本量与检测经费 |
| 同步共检 | 同一体系中同步完成DNA和RNA建库与测序 | 检测周期短、样本消耗少、不增加额外成本 | 最适合组织量少、病情急需快速出结果的患者 |
儿童实体瘤中RNA-NGS可补漏近一半的关键融合
NCCN指南针对RNA-NGS检测的明确推荐
NRG1融合检测中RNA测序优势突出
实体瘤DNA/RNA-NGS三大共检策略对比
根据样本量与临床急迫性个性化选择共检方案
患者送检基因检测，有哪些关键注意事项？
要确保RNA检测结果真实可靠，患者与家属需注意以下几点：
- 注意样本保存时间：RNA相比DNA极易降解。保存超过2年的FFPE（石蜡包埋）组织样本中有约20%无法满足RNA测序质量要求，建议优先选择2年内制备的样本送检。
- 确保肿瘤细胞含量：送检前需由病理医生评估组织中的肿瘤细胞比例，细胞量不足可能导致检测假阴性。
- 理性看待检测报告：若DNA报告发现罕见或非经典融合，切勿盲目停药或换药，应第一时间进行RNA验证，避免浪费宝贵的治疗窗口。
FFPE样本保存时间对RNA质控的影响
确保组织样本送检质量是成功检测的前提
打通抗癌信息壁垒，MedFind为您保驾护航
精准医疗时代，选对检测方法和匹配全球最前沿的治疗方案同样重要。如果您在解读基因检测报告时遇到疑惑，或者通过DNA/RNA共检发现了罕见靶点却面临国内无药可用的窘境，MedFind随时为您提供专业支持。
作为由癌症患者家属发起的抗癌共享互助平台，MedFind不仅提供AI辅助问诊与深度报告解读服务，还通过海外抗癌药品跨境直邮通道，帮助患者打破时差与地域限制，合规高效地获取全球创新靶向药物，让每一位抗癌勇士都能获得更确定、更有希望的救命指南。
【参考文献】
1. 中华医学会病理学分会, 国家病理质控中心. 实体瘤常见驱动基因DNA和RNA高通量测序共检专家共识（2025版）[J]. 中华病理学杂志, 2025, 54(7): 701-709.
2. 中国初级卫生保健基金会肿瘤精准诊疗专业委员会, 等. 基于RNA-based NGS检测非小细胞肺癌融合基因临床实践中国专家共识[J]. 中国肺癌杂志, 2023, 26(11): 801-812.
3. Chakravarty D, Johnson A, Sklar J, et al. Somatic Genomic Testing in Patients With Metastatic or Advanced Cancer: ASCO Provisional Clinical Opinion[J]. J Clin Oncol, 2022, 40(11): 1231-1258.
4. Owen D, Ben-Shachar R, Feliciano J, et al. Actionable Structural Variant Detection via RNA-NGS and DNA-NGS in Patients With Advanced Non-Small Cell Lung Cancer[J]. JAMA Netw Open, 2024, 7(11): e2442970.
5. Liu J, Gao N. Impact of sample characteristics on RNA-based next-generation sequencing (NGS) for fusion gene detection in non-small cell lung cancer (NSCLC)[C]. 2025 ASCO Annual Meeting.
6. Keller-Evans RB, Lee JK, Allen JM, et al. DNA and RNA-Based Next-Generation Sequencing for Companion Diagnostic Rearrangement Detection in Solid Tumors[J]. The Oncologist, 2026.
7. Yang SR, Aypar U, Rosen EY, et al. A Performance Comparison of Commonly Used Assays to Detect RET Fusions[J]. Clin Cancer Res, 2021, 27(5): 1316-1328.
8. Liu Q. Effects of RNA-based NGS on false-positive fusion calls in colorectal cancer compared with DNA-NGS[C]. 2026 ASCO Annual Meeting.
9. Gai L, Campbell M, Murnane M, et al. Concurrent RNA- and DNA-NGS testing for the detection of clinically-relevant fusions in pediatric solid-tumor patients[C]. 2026 ASCO Annual Meeting.
10. National Comprehensive Cancer Network. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology: Non-Small Cell Lung Cancer (Version 2.2026).
